Thomas J. Jordan est né à Bienne en 1963. Après avoir obtenu son certificat de maturité au gymnase économique de Bienne, il a étudié l’économie politique et l’économie d’entreprise à l’Université de Berne. Licencié (lic. rer. pol.) en 1989 et promu docteur en sciences économiques (dr rer. pol.) en 1993, il a en outre accompli un séjour de recherches postdoctorales de trois ans aux Etats-Unis, à l’Université de Harvard (Cambridge, Massachusetts), auprès du Department of Economics, où il a rédigé sa thèse d'habilitation. En 1998, il a été nommé privat-docent à l’Université de Berne et, en 2003, professeur honoraire. Il enseigne depuis lors la théorie et la politique monétaires à l’Université de Berne. De 2002 à 2007, il a également donné des cours à l’Université de Zurich, cours qui portaient eux aussi sur la politique monétaire.
Thomas J. Jordan est entré à la Banque nationale suisse (BNS) à Zurich en 1997. Il était alors conseiller scientifique et travaillait au 1er département. En 1999, il a été nommé sous-directeur et assumait des responsabilités auprès de l'unité d'organisation (UO) Etudes économiques. En 2002, il est devenu chef de l'UO Recherche. Il a accédé au rang de directeur début 2004. Au milieu de l’année 2004, il a été nommé membre suppléant de la Direction générale par le Conseil fédéral. Cette fonction était liée à celle de responsable du domaine des marchés financiers (opérations sur les marchés monétaires, opérations sur devises, gestion des actifs, gestion des risques et analyse des marchés financiers). Début mai 2007, le Conseil fédéral l’a nommé membre de la Direction générale et chef du 3e département (marchés financiers, opérations bancaires et informatique). A la suite de sa nomination par le Conseil fédéral, il occupe depuis le début du mois de janvier 2010 le poste de vice-président de la Direction générale et de chef du 2e département, à Berne (stabilité financière, billets et monnaies, finances et risques).
Thomas J. Jordan est président du conseil d’administration du fonds de stabilisation (StabFund) ainsi que président du Central Bank Counterfeit Deterrence Group (CBCDG; groupe de dissuasion de la contrefaçon des banques centrales) du G10. Il représente la Suisse au groupe de travail n° 3 (WP3) de l’OCDE et au Comité sur le système financier mondial (Committee on the Global Financial System) de la Banque des Règlements Internationaux. Il est membre du Bellagio Group et du Ausschuss für Geldtheorie und Geldpolitik (comité de théorie et de politique monétaires) du Verein für Socialpolitik, une association allemande d'économistes. Il préside en outre la fondation Centre d’études de Gerzensee de la Banque nationale suisse ainsi que le Centre international d'études monétaires et bancaires (CIMB), à Genève. Il a publié de nombreux articles sur la théorie et la politique monétaires dans des revues spécialisées renommées.
Thomas J. Jordan est marié et père de deux fils.