Thomas J. Jordan est né à Bienne en 1963. Après avoir obtenu le certificat de maturité au gymnase économique de Bienne, il a étudié l’économie politique et l’économie d’entreprise à l’Université de Berne. Licencié en 1989 et promu docteur en sciences économiques en 1993, il a rédigé sa thèse d'habilitation aux Etats-Unis, auprès du Department of Economics de l’Université de Harvard (Cambridge, Massachusetts), lors d'un séjour de recherches postdoctorales de trois ans. En 1998, il a été nommé privat-docent puis, en 2003, professeur honoraire à l’Université de Berne, où il enseigne la théorie et la politique monétaires.
Thomas J. Jordan est entré en 1997 à la Banque nationale suisse (BNS), à Zurich, comme conseiller scientifique au 1er département. Promu sous-directeur en 1999 au sein de l'unité d'organisation (UO) Etudes économiques, il a pris la tête de l'UO Recherche en 2002, avant d'accéder au rang de directeur début 2004. Au milieu de cette même année, le Conseil fédéral l'a nommé membre suppléant de la Direction générale. Dans le cadre de cette fonction, il a dirigé le domaine Marchés financiers au 3e département (Opérations sur les marchés monétaire et des changes, Gestion des actifs, Gestion des risques et Analyse des marchés financiers). En mai 2007, à la suite de sa nomination comme membre de la Direction générale par le Conseil fédéral, il a repris les rênes du 3e département (Marchés financiers, Opérations bancaires et Informatique), puis celles du 2e département à Berne (Stabilité financière, Billets et monnaies, Finances et risques), après sa nomination début 2010 comme vice-président de la Direction générale. Le 18 avril 2012, le Conseil fédéral a nommé Thomas J. Jordan président de la Direction générale et chef du 1er département (Affaires économiques, Coopération monétaire internationale, Affaires juridiques et services, Secrétariat général) à Zurich, et ce avec effet immédiat.
Thomas J. Jordan est président du conseil d’administration du fonds de stabilisation SNB StabFund et président du Central Bank Counterfeit Deterrence Group (CBCDG; groupe de dissuasion de la contrefaçon des banques centrales) du G10. Il est membre du conseil d'administration de la Banque des Règlements Internationaux (BRI), à Bâle, et membre du comité directeur du Conseil de stabilité financière (CSF). Par ailleurs, il préside le Centre international d’études monétaires et bancaires (CIMB), à Genève. Il a publié de nombreux articles sur la théorie et la politique monétaires dans des revues spécialisées de renommée internationale.
Thomas J. Jordan est marié et a deux fils.