Thomas J. Jordan wurde 1963 in Biel geboren. Nach Erlangen der Maturität am Wirtschaftsgymnasium Biel studierte er Volks- und Betriebswirtschaftslehre an der Universität Bern. Sein Studium schloss er 1989 als lic.rer.pol. ab und promovierte 1993 zum Dr.rer.pol. Daraufhin verfasste er während eines dreijährigen postdoktoralen Forschungsaufenthalts am Department of Economics der Harvard University in Cambridge, Massachusetts, USA, seine Habilitationsschrift. 1998 folgte die Ernennung zum Privatdozenten und 2003 zum Honorarprofessor an der Universität Bern. Dort hält Thomas J. Jordan Vorlesungen in Geldtheorie und Geldpolitik.
Thomas J. Jordan trat 1997 als Wissenschaftlicher Berater ins I. Departement der Schweizerischen Nationalbank (SNB) in Zürich ein. Zwei Jahre später wurde er zum Vizedirektor der Organisationseinheit Volkswirtschaftliche Studien ernannt, und 2002 wurde ihm die Leitung der Organisationseinheit Forschung übertragen. Auf Anfang 2004 erfolgte die Beförderung zum Direktor. Per Mitte 2004 ernannte ihn der Bundesrat zum Stellvertretenden Mitglied des Direktoriums. In dieser Funktion leitete er den Bereich Finanzmärkte im III. Departement (Geldmarkt- und Devisenoperationen, Asset Management, Risikomanagement und Finanzmarktanalysen). Auf Mai 2007 ernannte ihn der Bundesrat zum Mitglied des Direktoriums, und Thomas J. Jordan wurde Vorsteher des III. Departements (Finanzmärkte, Operatives Bankgeschäft und Informatik). Per Jahresanfang 2010 wählte ihn der Bundesrat zum Vizepräsidenten des Direktoriums, worauf er die Leitung des II. Departements (Finanzstabilität, Bargeld, Finanzen und Risiken) in Bern übernahm. Thomas J. Jordan wurde am 18. April 2012 vom Bundesrat per sofort zum Präsidenten des Direktoriums gewählt und damit Vorsteher des I. Departements (Volkswirtschaft, Internationale Währungskooperation, Recht und Dienste, Generalsekretariat) in Zürich.
Thomas J. Jordan ist Präsident des Verwaltungsrates des Stabilisierungsfonds StabFund der SNB und Chairman der Central Bank Counterfeit Deterrence Group (CBCDG) der G10. Er ist Mitglied des Verwaltungsrates der Bank für Internationalen Zahlungsausgleich (BIZ) in Basel und des Steuerungsausschusses des Financial Stability Board (FSB) sowie Chairman des International Center for Monetary and Banking Studies (ICMB) in Genf. Seine zahlreichen Artikel zur Geldtheorie und Geldpolitik wurden in international renommierten Zeitschriften veröffentlicht.
Thomas J. Jordan ist verheiratet und Vater von zwei Söhnen.