Thomas J. Jordan wurde 1963 in Biel geboren. Nach Erlangen der Maturität am Wirtschaftsgymnasium Biel studierte er Volks- und Betriebswirtschaftslehre an der Universität Bern. Dort schloss er 1989 sein Studium als lic.rer.pol ab und promovierte 1993 zum Dr.rer.pol. Nach einem dreijährigen postdoktoralen Forschungsaufenthalt am Department of Economics der Harvard University in Cambridge, Massachusetts, USA, wo er seine Habilitationsschrift verfasste, folgte 1998 die Ernennung zum Privatdozent und 2003 zum Honorarprofessor an der Universität Bern. Dort hält er Vorlesungen in Geldtheorie und Geldpolitik. Zwischen 2002 und 2007 nahm er einen weiteren Lehrauftrag zur Geldpolitik an der Universität Zürich wahr.
Thomas J. Jordan trat 1997 als Wissenschaftlicher Berater ins I. Departement der Schweizerischen Nationalbank (SNB) in Zürich ein. Zwei Jahre später wurde er zum Vizedirektor der Organisationseinheit Volkswirtschaftliche Studien ernannt und 2002 wurde ihm die Leitung der Organisationseinheit Forschung übertragen. Auf Anfang 2004 erfolgte die Beförderung zum Direktor. Per Mitte 2004 ernannte der Bundesrat Jordan zum Stellvertretenden Mitglied des Direktoriums. In dieser Funktion leitete er den Bereich Finanzmärkte im III. Departement (Geldmarkt- und Devisenoperationen, Asset Management, Risikomanagement und Finanzmarktanalysen). Auf Anfang Mai 2007 ernannte ihn der Bundesrat zum Mitglied des Direktoriums und Vorsteher des III. Departements (Finanzmärkte, Operatives Bankgeschäft und Informatik). Per Anfang Januar 2010 wählte ihn der Bundesrat zum Vizepräsidenten des Direktoriums und Vorsteher des II. Departements (Finanzstabilität, Bargeld, Finanzen und Risiken) in Bern.
Thomas J. Jordan ist Präsident des Verwaltungsrates des Stabilisierungsfonds StabFund und Chairman der Central Bank Counterfeit Deterrence Group (CBCDG) der G-10. Er vertritt die Schweiz in der Arbeitsgruppe 3 (WP3) der OECD und im Ausschuss für das weltweite Finanzsystem (Committee on the Global Financial System) der Bank für Internationalen Zahlungsausgleich. Er ist Mitglied der Bellagio Group und des Ausschusses für Geldtheorie und Geldpolitik des Vereins für Socialpolitik. Jordan ist Präsident der Stiftung Studienzentrum Gerzensee der Schweizerischen Nationalbank und Chairman des International Center for Monetary and Banking Studies (ICMB) in Genf. Seine zahlreichen Artikel zur Geldtheorie und Geldpolitik wurden in international renommierten Zeitschriften veröffentlicht.
Thomas J. Jordan ist verheiratet und Vater zweier Söhne.